La constitución básica de la Sierra de Guadarrama, a la que pertenece el término de Peguerinos, es de gneis y granito como corresponde a su gran antigüedad. La vertiente que da hacia Madrid es más abrupta que la que corresponde a Ávila y Segovia.
La Sierra de Guadarrama presenta un gran alineamiento que va de NE a SW.
Desde el Cabezo de Guijar (Líjar), donde realmente comienza el término que nos ocupa, hacia el W corre la llamada Sierra de Malagón, divisoria aquí de las cuencas hidrográficas del Duero y el Tajo, como de las provincias de Ávila y Segovia. Se inicia en su máxima combre, Cueva Valiente (1903 m) para ir degradándose hacia poniente por Cañada de la Cumbre (1675 m), el Boquerón (1638 m), Bercedilla (1641 m), Navazuelo (1642 m), Valpardo (1517 m) y Valdihuelo (1642 m), ya encima del pueblo de la Cañada (Ávila).
Y desde el Cabezo de Guijar hacia el S corren las denominadas montañas escuralienses: Collado de la Cierva (1720 m), Cerro de la Carrasqueta (1667 m), Portilla del Cura, Cerro de San Juan (1736 m) y Alto de San Juan (1749 m). Desde este último punto hacia el SE se desprende una estribación que culmina el el Risco de Abantos (1758 m) y Risco Benito (1700 m). Desde el Alto de San Juan, prosiguiendo el cordal principal por el puerto de San Juan de Malagón (1534 m), se llega al Barranco de la Cabeza (1680 m) y el Cerro de San Benito (1626 m). Fuera ya del término, y hacia el S del San Benito, se desarrolla la Sierra de Almenara, en el pueblo madrileño de Robledo de Chavela. Al E del San Benito y a través del puerto de la Cruz Verde (1250 m) se llega a Las Machotas (1461 m), que completa el circo montañoso de El Escorial.
Geológicamente la historia de la Sierra de Gudarrama nace hace unos 1200 millones de años (era Paleozoica o Primaria), donde en el lugar donde se sitúa hoy había un profundo geosinclinal marino, en el que se fueron depositando y comprimiendo los materiales procedentes del Silúrico, los que bajo la compresión Caledoniana se transformaron en rocas estrato-cristalinas (gneis, pizarras, etc.).
Con posterioridad, la orogénesis huroniana levantó el fondo de este mar precámbrico volcando sus estratos hacia el SE, y haciendo emerger el llamado "continente noratlántico" (el centro y noroeste peninsulares). Al final de la era Paleozoica, durante el Carbonífero, la orogénesis herciniana, hace 250 millones de años, pliega fuertemente el anterior macizo, dando origen a la primera versión de la Sierra, con su dirección NE-SW, más alta que la actual.
Al terminar la orogénesis herciniana se producen arrolladoras erupciones graníticas que levantan la Sierra de Gredos, la Paramera y la de Malagón, dislocando la antigua cordillera y proyectando hacia el NE nuvos macizos graníticos sobre la primitiva estructura de gneis del viejo Guadarrama, surgiendo así Las Macotas, Abantos, el Cabezo de Guijar, La Peñota, Siete Picos, La Maliciosa, La Pedriza y la Sierra de la Cabrera.
Pero al comienzo de la era Secundaria, el Guadarrama herciniano estaba arrasado por la erosión y convertido casi en una penillanura.
Y fue a lo largo de la era Terciaria, entre hace 35 y 17 millones de años, cuando se desarrolló la orogénesis alpina que fue responsable de la aparición de las otras grandes cordilleras hispanas, pero que sobre este viejísimo macizo sólo pudo producir su abombamiento central de gran radio (su actual Sistema Central) y una fragmentación de la penillanura petriásica en bloques, de los cuales unos quedarían emergidos (horst) y otros se hundieron (fosas tectónicas), lo que los geólogos llaman "estilo germánico". Así que la Sierra de Guadarrama quedó definitivamente configurada como un rosario de horsts, en alineaciones más o menos paralelas, entre las fosas tectónicas de Tajo y Duero, al tiempo que todo el conjunto qudaba ligeramente inclinado hacia poniente.
Los últimos retoques provienen de la erosión finipontiense y las glaciaciones cuaternarias (cuatro en total), pero que en esta sierra solo afectó la de Würm y en las zonas más altas de la vertiente meridional del macizo de Peñalara (Valle del Lozoya).
